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影响聚丙烯酰胺凝胶电泳使用效果的几种因素：
1、化学降解
化学降解是指聚合物溶液短期或长期与一些物质(如氧气)接触，该物质破坏聚合物分子结构的过程。根据降解机理的不同，化学降解主要有氧化降解和光降解。
2、氧化降解
聚丙烯酰胺凝胶电泳的氧化降解主要为自由基传递反应。氧化反应引起聚丙烯酰胺凝胶电泳主链的断裂，使聚合物分子量减少。氧化降解反应具有自由基连锁反应的特征，过氧化物、还原性有机杂质以及过渡金属离子等起着活化剂作用，产生活性自由基碎片，大大降低了聚合物降解过程中分解反应活化能，促进聚合物氧化降解。
溶液中氧气的存在是聚丙烯酰胺凝胶电泳氧化降解的重要因素，当溶液中缺氧时，容易发生分子链的偶合，生成交联结构，链终结；当溶液中有足够的氧时，则容易发生氧化降解反应。研究不同条件下聚丙烯酰胺凝胶电泳在水溶液中的化学降解作用，在氧存在时，聚丙烯酰胺凝胶电泳溶液的稳定性下降，溶液粘度的下降随温度升高而加剧，相反，在脱氧条件下，溶液粘度发生轻微的上升，并测得聚丙烯酰胺凝胶电泳在水溶液中的氧化降解反应活化能为38kJ/mol。在空气和氧气不同条件下，二者降解差别不大，表明在空气存在时，水溶液中溶解氧的含量已足够使水解聚丙烯酰胺发生大量的氧化降解，无论在不同温度或者不同氧含量条件下，均不出现寻常氧化降解初期的诱导现象。
3、光降解
现有的研究表明，自然光和紫外线照射可以直接使聚丙烯酰胺凝胶电泳降解。用不同的天然水配制聚丙烯酰胺凝胶电泳溶液，置于用塑料膜封口的玻璃瓶中，日光经过瓶口照射溶液，观察6周时间内溶液中AM，NH4 + 和pH的变化。结果发现，一段时间后溶液中单体AM显著增长，NH4 + 浓度下降，微生物浓度未见明显改变。说明聚丙烯酰胺凝胶电泳链在环境条件下发生了分裂，判断降解的主要原因是光致裂解，而非生物降解。聚丙烯酰胺凝胶电泳的光致降解可以用键能的大小来解释：聚丙烯酰胺凝胶电泳中C-C，C-H，C-N键的键能分别为340 kJ/mol，420 kJ/mol和414 kJ/mol，因此相应地要断裂这些键所对应的波长分别为325 nm，250 nm和288 nm。但由于臭氧层的存在，吸收了286 nm～300 nm的全部辐射，因此太阳辐射只能使C-C键断裂，而对C-H和C-N键影响很小。
4、热降解
热降解是聚丙烯酰胺凝胶电泳在热作用下化学键的断裂，在升温过程中，聚合物发生了水解反应，其水解程度逐步增加，然后反应趋向于稳定。在室温条件下，聚丙烯酰胺凝胶电泳水溶液比较稳定，然而，温和地升温就会出现明显的聚合物降解现象。实验结果表明，在50 ℃时聚丙烯酰胺凝胶电泳水溶液的粘度*间的增加发生明显下降，这种粘度降低的趋势随温度升高大大加快，不同温度条件下溶液粘度下降的半衰期(即粘度保留率到达一半的老化时间)分别为117 h(50 ℃)、20 h(70 ℃)和2.6 h(90 ℃)。由于聚丙烯酰胺凝胶电泳主要以水溶液的形式被应用，因此对固态聚丙烯酰胺凝胶电泳的热降解性的关注较少。目前已有的文献中，对固态聚丙烯酰胺凝胶电泳热降解性的研究主要是利用热重分析和微分扫描量热的方法，根据不同升温速率下PAM的失重曲线判断聚丙烯酰胺凝胶电泳的降解机理。
聚丙烯酰胺可以有效防治水土流失功效
聚丙烯酰胺作为一种絮凝剂，在防治水土流失的时候，也可以发挥巨大的作用。非离子聚丙烯酰胺是一种有机合成的聚合物，被广泛添加到灌溉用水，以帮助防止水土流失。聚丙烯酰胺是非常有效的解决在水中的悬浮泥沙和稳定现有的土壤结构，其作用就是紧密结合土壤矿物颗粒。
聚丙烯酰胺PAM可用作于土壤改良剂以防治水土流失，用作土壤保湿剂以及种子培养剂等。聚丙烯酰胺在农林行业中的应用，是因利用聚丙烯酰胺的胶黏性和高吸水性，利用聚丙烯酰胺的黏结性用于养殖业中的颗粒饲料加工中的黏结添加剂；利用聚丙烯酰胺的絮凝作用改善水质，增加水的透光性和加速水的光合作用。概括地说聚丙烯酰胺具有保土、保水、保肥和增产的四大效应。
阳离子聚丙烯酰胺可以预防治理水土流失，合理用有限的水资源是农业生产中的一个关键问题。做好水分蓄积和保持，调节土壤水库的吐纳功能，是提高降水和灌溉水利用率的一个重要途径。我国的水土流失比较严重，特别是西北地区水土流失举世瞩目，许多地方出现了不同程度的沙漠化。水土流失带走了大量的土壤、水分和肥分，严重破坏了耕地资源，给农业生产造成了极大的影响。另一方面，我国旱区面积占国土面积的70%，缺水是干旱与半干旱地区农业发展的首要限制因素。
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